Skripsi
PREDIKSI STRUKTUR 3D DAN POTENSI AKTIVITAS ANTIKANKER L-asparaginase BAKTERI Serratia marcescens, Bacillus subtilis, Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus velezensis SECARA IN SILICO
- Bagikan:
L-asparaginase merupakan enzim yang menghidrolisis L-asparagin
menjadi L-aspartat dan amonia. Enzim ini dapat menjadi salah satu agen
kemoterapi kanker limfatik. L-asparaginase dapat diperoleh dari bakteri endofit
karena dapat diproduksi dengan skala besar tanpa memerlukan biomassa dalam
jumlah yang besar. Informasi struktur 3D protein dapat dilakukan secara in silico
untuk memahami sifat dan fungsi protein di tingkat molekuler dengan biaya yang
relatif lebih terjangkau. Tujuan penelitian ini adalah melakukan prediksi struktur
3D L-asparaginase Serratia marcescens, Bacillus velezensis, Bacillus
amyloliquefaciens, Bacillus subtilis dan uji aktivitas antikanker L-asparaginase
dengan substrat asparagin dengan menggunakan metode docking. Prediksi
struktur 3D L-asparaginase menggunakan metode homologi SWISS-MODEL.
Struktur referensi (template) L-asparaginase adalah strukturL-asparaginase dari
Escherichia coli dan Erwinia crysanthemi yang merupakan L-asparaginase
komersial. Struktur target L-asparaginase adalah L-asparaginase dari
S. marcescens, B. velezensis, B. amyloliquefaciens dan B. subtilis. Prosedur yang
dilakukan meliputi pencarian sekuen L-asparaginase, Blastp L-asparaginase,
pencarian template, prediksi struktur 3D L-asparaginase, dan uji aktivitas
L-asparaginase dengan asparagin sebagai substrat, menggunakan metode docking.
Hasil pensejajaran presentase tertinggi pada L-asparaginase S. marcescens
(82,99%) dan terendah pada L-asparaginase B. amyloliquefaciens (31,40%). Nilai
query cover tertinggi pada L-asparaginase S. marcescens (99%) terendah pada
L-asparaginase B.subtilis (83%). E-value tertinggi pada L-asparaginase
S. marcescens (0,0) dan terendah pada L-asparaginase B. amyloliquefaciens
(7e-47). Nilai QMEAN terbaik pada L-asparaginase S. marcescens (0,89) dengan
Sequen identity (82,62%). Persentase residu tertinggi pada L-asparaginase
S. mercescens (94,3 % Favored region) dan (0,0% Disallowed region) dengan
nilai G-factor (-0,05). Hasil validasi metode molecular docking ligan berupa nilai
RMSD sebesar 1,236 Å. Aktivitas antikanker pada L-asparaginase S.marcescens
ditunjukkan dengan adanya interaksi berenergi rendah dengan substrat asparagin.
Detail Information
| Item Type |
Bachelor's Thesis
|
|---|---|
| Penulis |
Linda Pertiwi - Personal Name
|
| Student ID |
170105001
|
| Dosen Pembimbing |
Wulan Pertiwi, S.Si., M.Si. - 0406098002 - Dosen Pembimbing 1
Haryanto, S.Si., M.Si - 0425109002 - Dosen Pembimbing 2 |
| Penguji | |
| Kode Prodi PDDIKTI |
54207
|
| Edisi | |
| Departement |
BIOTEKNOLOGI
|
| Kontributor | |
| Bahasa |
Indonesia
|
| Penerbit | UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH BANDUNG : Bandung., 2021 |
| Edisi | |
| Subyek | |
| No Panggil | |
| Copyright |
Universitas Muhammadiyah Bandung
|
| Doi |
Lampiran Berkas
Homepage Info
Welcome To Repository UMBandung. Sistem Elektronik publikasi Karya Ilmiah
Alamat
Repository UMBandungJl. Soekarno-Hatta No.752
Cipadung Kidul, Kec. Panyileukan, Kota Bandung, Jawa Barat 40614
Email: unmuhbandung@gmail.com
